Проценты или пиксели, что лучше?

Так, как разметка построена с использованием {position: absolute;}, что, на мой взгляд, предполагает в качестве единиц измерения переход на абсолютные значения для задания ширины колонкам и отступам между ними, пиксели самая подходящая величина.

При плавающей ширине колонок лучше всего подойдут проценты.

Сдерживающим моментом в этом случае, является то обстоятельство, при котором, колонки имея не большой люфт в расстоянии между собой, при переходе с одного разрешения на другое не будут сохранять то расстояние, которое было выставлено изначально.

В качестве маскировки можно предложить исключение вертикальных border’ов или указание оного только для фиксированной колонки.

Люфт естественно останется, но не будет явно и главное заметно, бросаться в глаза.

При однородной фоновой заливке, выставив расстояние между колонками заведомо больше, чем необходимо, можно, вообще, не обращать на это внимания.

Так, как автор отдает предпочтение варианту с пикселями, то и примеры в них родимых.